Структура белков и скрытая периодичность в генах (60,00 руб.)

4 УДК 577.2.519.23 СТРУКТУРА БЕЛКОВ И СКРЫТАЯ ПЕРИОДИЧНОСТЬ В ГЕНАХ М.Б. <...> Кутыркин2 ( 1лаборатория биоинформатики Института математических проблем биологии РАН; е-mail: maramaria@yandex.ru; 2кафедра вычислительной математики и математической физики Московского государственного технического университета имени Н.Э. Баумана; е-mail: vkutyrkin@yandex.ru) Оригинальные методы спектрально-статистического подхода были разработаны для распознавания нового типа скрытой периодичности в ДНК — скрытой профильной периодичности (скрытой профильности). <...> Исследование скрытой профильности в кодирующих районах генов позволяет выявлять различные уровни кодирования генетической информации, в том числе и на локальных участках ДНК. <...> Известные методы, применявшиеся для распознавания размытых тандемных повторов, не могут быть использованы для выявления этого нового типа скрытой периодичности. <...> В настоящей работе предлагаются методы распознавания скрытой профильной периодичности, основанные на спектрально-статистическом подходе (2С подходе) [2]. <...> В работе приведены примеры, когда скрытая профильность, выявленная в кодирующих районах ДНК, транслируется в особенности структуры аминокислотной последовательности белка. <...> Методы Пусть Chr (p) — случайная буква со столбом частот p =(p1, ., pK)T, которая является случайной величиной, принимающей с вероятностью pi значение i-й буквы алфавита A = aaK 1, ., . <...> Chr(pn) из n независимых случайных букв индуцируется матрицей π =(p1, ., pn)= () ,j i n K называемой n-профильной матрицей. <...> Любое целое число L из диапазона 1, ., Lmax, где Lmax : n 5K называется тест-периодом строки Str. <...> Букву aiA можно отождествить со случайной буквой, все компоненты столбца частот которой — нулевые, за исключением i-й единичной компоненты. <...> Поэтому любую текстовую строку в алфавите A можно отождествлять с соответствующей специальной случайной строкой той же длины. <...> Пусть L—тест-период, 0` матрица ПStr (L)= 1 m m i называется L-профильной ia1 матрицей строки Str. <...> Таким образом <...>