4 УДК 575.852’112 СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ РЕКОНСТРУКЦИИ ФИЛОГЕНИИ БЕЛКОВ НА МАТЕРИАЛЕ ПРИРОДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ М.С. <...> Кривозубов, С.А. Спирин (факультет биоинженерии и биоинформатики и НИИ ФХБ имени А.Н. Белозерского МГУ; e-mail: mikhailkrivozubov@yandex.ru) На материале природных последовательностей проведено сравнение нескольких методов реконструкции филогении белков. <...> Были протестированы программы пакета PHYLIP, а также программы FastME, PhyML и TreeTop. <...> Вопреки исследованиям на симулированных данных наши результаты демонстрируют превосходство программ, принимающих на вход матрицу расстояний, над реализациями метода наибольшего правдоподобия. <...> К настоящему времени разработано множество методов реконструкции филогении белков, представляющих результаты в виде филогенетических деревьев. <...> Все основные их типы реализованы в пакете PHYLIP [1]. <...> Метод максимальной экономии реализован в пакете PHYLIP в программе protpars, метод наибольшего правдоподобия — в программах proml и promlk, метод Фитча—Марголиаша [2] и родственные методы (например, метод наименьших квадратов [3]) реализованы программами fitch и kitsch, методы объединения соседей (Neighbor-joining, [4]) и UPGMA [5] реализованы как опции программы neighbor. <...> Для вычисления расстояний между выравненными белковыми последовательностями в пакете PHYLIP имеется программа protdist. <...> Методы UPGMA, kitsch и promlk предполагают справедливость гипотезы молекулярных часов, остальные методы не предполагают ее. <...> Разные алгоритмы часто выдают деревья отличающейся топологии. <...> Мы провели сравнение методов реконструкции филогении белков путем сравнения деревьев, построенных каждым методом по ортологичным белковым семействам фиксированного набора организмов, с деревом, построенным по объединенному выравниванию всех выбранных белков. <...> Филогения конкретного семейства белков может отличаться от филогении организмов из-за горизонтальных переносов, потери паралогов или других причин. <...> Однако если какая-либо ошибка отдаляет реконструкцию <...>