4 УДК 577.32 ЭФФЕКТЫ МЕЖИОННЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ ПРИ ФУНКЦИОНИРОВАНИИ И ИНГИБИРОВАНИИ ПОТЕНЦИАЛ-ЗАВИСИМЫХ КАЛИЕВЫХ КАНАЛОВ К.В. <...> Шайтан, О.С. Соколова, А.К. Шайтан, М.А. Касимова, В.Н. Новоселецкий, М.П. Кирпичников (кафедра биоинженерии; e-mail: k.v.shaitan@molsim.org) Методами молекулярной динамики с использованием суперкомпьютера МГУ “Ломоносов” исследована ионная проводимость потенциал-зависимого калиевого канала KcsA в полноатомной модели на субмикросекундных временах. <...> Использовалась структура KcsA в открытом состоянии, полученная методом рентгеноструктурного анализа (pdb код 3fb7). <...> Показано, что при физиологических условиях проводимость канала осуществляется по кооперативному механизму и наиболее вероятным является прохождение “пачки” из трех ионов калия. <...> Исследовано также взаимодействие гомологичного ионного канала Kv1.2 c нейротоксином. <...> Показано, что межионное взаимодействие относительно мало влияет на связывание канала с токсином. <...> Потенциал-зависимые калиевые каналы (Kv) представляют собой наиболее обширную и разнообразную группу ионных каналов. <...> В связи со значимостью этой части протеомики для биомедицины большое значение имеет развитие фундаментальных представлений о структуре ионных каналов, механизмах их функционирования и взаимодействия с лигандами/блокаторами. <...> Современные методы молекулярного моделирования [1] с использованием суперкомпьютерных технологий позволяют получить количественные данные о динамике ионных каналов и процессов ионного транспорта (величина проводимости и ее зависимость от внешних условий [2], зависимость свободной энергии иона от его положения в канале [3], структурные и энергетические характеристики стадий прохождения ионов через селективный фильтр (СФ) канала [2, 4], эффекты ион-ионных взаимодействий в канале и т.д. <...> ). Учитывая высокую степень гомологии, можно ожидать, что основные закономерности связывания лигандов и механизмы ионного транспорта сходны у всей группы <...>